O Conselho Fiscal é o órgão de fiscalização das contas do Funbep, responsável por sua gestão econômico-financeira. É constituído por seis membros efetivos e seis suplentes, sendo quatro indicados pelas patrocinadoras (um deles é o presidente), dois eleitos pelos participantes e dois eleitos pelos assistidos. Seu mandato dura quatro anos, podendo ser reconduzidos ao cargo.